İstanbul Boğazı’nın en güzel tepelerinden biri üzerinde bulunan Kandilli Kız Lisesi’nin yeri, tarihi kayıtlara göre  Sultan I. Mahmut ile Şeyhülislâm Vani Mehmet Efendi Vakfıdır. Bina Sultan Abdülaziz (d. 1830, ö. 1876) tarafından kız kardeşi Âdile Sultan için yazlık ikâmetgâh (saray) olarak yaptırılmıştır. Hangi tarihte yapıldığı kesin olarak bilinmemekle birlikte, Abdilaziz’in tahta çıktığı 1861 yılından sonra yapıldığı kabul edilebilir. Saray 1914’e hazineye geçmiş ve tapuda Hazine-i Maliye adına tescili yapılmıştır.

Mimarı Hassa Mimarlarından Serkis Balyan Efendi’dir. Galatasaray Sultanisi (Lisesi)’nin kızlara ait tam bir muadili olarak burada açılması düşünülen kız okulu, bazı nedenlerle bir türlü açılamamıştır. Araya I. Dünya Savaşı girmiş, Trablusgarp öksüzlerine yurt yapılması düşüncesiyle Harbiye Nezareti tarafından binaya sahip çıkılmış, fakat 1916 yılında Maarif Nezareti konuya el koyarak binayı geri almış ve nihayet aynı yıl, aynı yapıda “Adile Sultan İnas Mekteb-i Sultanisi” adı altında, ilk ve yuva bölümlerini de kapsayacak nitelikte, Türkiye’nin ikinci kız lisesi açılmıştır.(İlki bugünkü adı İstanbul Kız Lisesi olan Bezm-i Âlem İnas Sultanisi’dir.) Okul 10 sınıflık bir düzende kurulmuştur. Kuruluşa göre  ilk 5 sınıfı Kısm-ı İrtidai (İlkokul) 6, 7, 8, 9 ve 10. sınıfları da Kısm-ı Sultani (Lise) olacak ve ayrıca yuva bölümü de bulunacaktı.

Bu kuruluşa rağmen o tarihte okulda yalnız 6 ve 7. sınıflar bulunuyordu. Okul bu düzen içinde Almanya’dan  bu iş için özel olarak getirilen Frau Crommer’in idaresine verilmiştir (1916-1918). 1919-1920 öğretim yılı sonunda 5 kişiden ibaret ilk mezunlarını veren okulun, sonraki yıllarda mezun sayısının her yıl büyük bir hızla arttığı görülecektir. 10 yıl öğrenim süreli Kandilli İnas Mekteb-i Sultanisi, 1924- 1925 öğretim yılında yapılan bir değişiklikle Kandilli Kız Orta Mektebi’ne dönüştürülmüş ve 7 yıl bu nitelikte çalışmıştır. Daha sonra Boğaziçi halkının ve özellikle Anadolu yakası sakinlerinin kızlarının gidebileceği bir liseye şiddetle ihtiyaç duyulması üzerine, okulun yeniden lise haline getirilmesi için müdürlükçe bir daha girişimde bulunulduğu halde, fen derslerini okutacak öğretmen bulunmadığı gerekçesiyle, teklif Maarif Vekâletince kabul olunmamıştır.

1931-1932 öğretim yılı başında Kandilli Rasathanesi Müdürü merhum Fatin Gökmen’in (Gökmen Hoca) matematik ve fizik dersleri için rasathane mensuplarından yararlanılabileceğini bildirmesi üzerine, 1931 yılı eylülünden başlanmak üzere okul, tekrar lise olarak lâyık olduğu mertebeye yükseltilmiştir.

1969-1970 öğretim yılıyla birlikte yeni yapılan binaya taşınılmıştır ve halen okulumuz öğrencileri öğretimini geniş imkânları ile (!) modern bir eğitim tesis olan bu binada sürdürmektedir. Tepedeki tarihi yapı ise pansiyon olarak kulanılmakta iken 7 Mart 1986 tarihinde çıkan yangında kullanılmaz hale geldi. 364 yatılı öğrenci diğer kız okullarına dağıtılarak öğretim yılı tamamlandı. Kandilli Kız Lisesi yangından üç yıl sonra yeni pansiyon binasına kavuştu.